Microbiote intestinal : comprendre l’équilibre digestif dans sa globalité
Le microbiote intestinal occupe aujourd’hui une place importante dans la compréhension de la digestion. Il participe notamment au métabolisme de certains nutriments, à la production de molécules utiles, au fonctionnement de la barrière intestinale et aux interactions entre l’intestin, le système immunitaire et le cerveau.
Cependant, attribuer systématiquement les troubles digestifs à un microbiote « déséquilibré » serait réducteur. Les ballonnements, les gaz, les inconforts après les repas ou les modifications du transit peuvent également être influencés par la digestion haute, la motilité intestinale, les sécrétions digestives, l’alimentation, le stress ou certains troubles médicaux.
Comprendre ces différents mécanismes permet d’éviter les réponses trop simplistes et d’adopter une vision plus globale du fonctionnement digestif.
Sommaire de la page
-
Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?
-
Dysbiose et SIBO : de quoi parle-t-on ?
-
Pourquoi tout ne commence pas dans le côlon
-
Estomac, bile et pancréas : les acteurs de la digestion haute
-
Motilité intestinale et complexe moteur migrant
-
Stress, système nerveux et nerf vague
-
Butyrate et acides gras à chaîne courte
-
Quand demander un avis médical ?
-
L’approche proposée par Mood For Life à Toulon
Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?
Le microbiote intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes présents dans le tube digestif : bactéries, virus, champignons et autres micro-organismes. Leur répartition varie considérablement selon les différentes parties de l’appareil digestif.
La densité microbienne est relativement faible dans l’estomac et l’intestin grêle, puis devient beaucoup plus importante dans le côlon.
Le microbiote contribue notamment :
-
à la fermentation de certaines fibres alimentaires ;
-
à la production d’acides gras à chaîne courte ;
-
au maintien de la barrière intestinale ;
-
à la maturation et à la régulation du système immunitaire ;
-
au métabolisme de certains acides biliaires ;
-
à la communication entre l’intestin et le système nerveux.
Il n’existe toutefois pas un microbiote « parfait » qui serait identique chez tout le monde. Sa composition varie selon l’âge, l’alimentation, les médicaments, l’environnement, le transit et de nombreux facteurs individuels.
Le microbiote doit donc être considéré comme un écosystème dynamique, et non comme une simple liste de « bonnes » et de « mauvaises » bactéries.
Dysbiose et SIBO : de quoi parle-t-on ?
Le terme dysbiose désigne une modification de la composition ou du fonctionnement du microbiote. Il est fréquemment employé, mais ne correspond pas, à lui seul, à un diagnostic médical précis.
Le SIBO, ou Small Intestinal Bacterial Overgrowth, correspond à une prolifération anormalement importante de bactéries dans l’intestin grêle. Il peut être associé à différents symptômes :
-
ballonnements ;
-
gaz ;
-
douleurs abdominales ;
-
diarrhée ou constipation ;
-
inconfort après les repas ;
-
parfois certaines carences nutritionnelles.
-
Ces manifestations ne sont néanmoins pas spécifiques au SIBO. Elles peuvent avoir de nombreuses autres causes. Le diagnostic ne peut donc pas reposer uniquement sur les symptômes ou sur l’impression de « mal digérer ».
Pourquoi tout ne commence pas dans le côlon
Le microbiote est parfois présenté comme le chef d’orchestre de l’ensemble de la digestion. Cette vision mérite d’être nuancée.
Une modification du microbiote peut participer à certains troubles, mais elle peut également être la conséquence d’un fonctionnement digestif perturbé en amont.
Avant que les aliments n’atteignent le côlon, plusieurs étapes doivent se dérouler correctement :
-
mastication et imprégnation salivaire ;
-
brassage gastrique ;
-
acidification du contenu de l’estomac ;
-
vidange gastrique ;
-
arrivée de la bile et des enzymes pancréatiques ;
-
progression du contenu dans l’intestin grêle ;
-
absorption des nutriments.
-
Lorsque certaines de ces étapes sont ralenties ou moins efficaces, une quantité plus importante de substrats peut parvenir aux bactéries intestinales.
Cela peut favoriser les fermentations et la production de gaz.
Cette lecture explique pourquoi la prise répétée de probiotiques ne constitue pas nécessairement une réponse suffisante à tous les ballonnements.
Estomac, bile et pancréas : les acteurs de la digestion haute
L’estomac
L’estomac assure le brassage des aliments et produit notamment de l’acide chlorhydrique. Cette acidité participe à la digestion des protéines et constitue l’une des barrières naturelles limitant l’arrivée excessive de micro-organismes vivants dans l’intestin.
Une acidité gastrique insuffisante est parfois appelée hypochlorhydrie. Ses causes et sa réalité doivent être évaluées avec prudence : des symptômes digestifs ne permettent pas, à eux seuls, de conclure à un manque d’acidité.
La bile
Produite par le foie puis stockée dans la vésicule biliaire, la bile participe principalement à l’émulsion et à l’absorption des graisses.
Les acides biliaires interviennent aussi dans la communication métabolique et influencent l’environnement microbien intestinal. Leur circulation forme un système complexe appelé cycle entérohépatique.
Le pancréas
Le pancréas libère dans l’intestin grêle différentes enzymes permettant notamment la digestion :
-
des protéines ;
-
des lipides ;
-
des glucides.
Un trouble digestif persistant ne doit donc pas être interprété exclusivement sous l’angle du microbiote.
L’ensemble de la chaîne digestive doit être considéré.
Motilité intestinale et complexe moteur migrant
L’intestin ne se contente pas de recevoir les aliments : il doit aussi les faire progresser.
Cette progression dépend de contractions coordonnées appelées motilité digestive. Entre les repas, l’estomac et l’intestin grêle connaissent une activité particulière : le complexe moteur migrant, parfois décrit comme un mécanisme de balayage digestif.
Son rôle consiste notamment à faire progresser les résidus alimentaires, les sécrétions et une partie des micro-organismes vers le côlon pendant les périodes de jeûne.
Un ralentissement de la motilité de l’intestin grêle peut constituer l’un des facteurs favorisant une prolifération bactérienne. Cela explique pourquoi le SIBO n’est pas toujours un problème exclusivement alimentaire ou microbien : la question du mouvement intestinal peut également être centrale.
Le fonctionnement de cette motilité repose sur plusieurs mécanismes, parmi lesquels :
-
le système nerveux entérique ;
-
le système nerveux autonome ;
-
les cellules interstitielles de Cajal ;
-
différents neurotransmetteurs et médiateurs digestifs ;
-
certaines hormones digestives, dont la motiline.
Ces mécanismes sont complexes. Ils ne peuvent pas être évalués à partir d’un symptôme isolé.
Stress, système nerveux et nerf vague
L’intestin et le cerveau communiquent en permanence par différentes voies nerveuses, immunitaires, endocrines et métaboliques. Cet ensemble est appelé axe intestin-cerveau ou, plus précisément, axe microbiote-intestin-cerveau.
Le nerf vague constitue l’une des voies de cette communication. Il participe notamment à la régulation parasympathique de plusieurs fonctions digestives.
Le stress peut modifier :
-
les contractions digestives ;
-
la perception des sensations intestinales ;
-
la vitesse du transit ;
-
les sécrétions digestives ;
-
certains comportements alimentaires ;
-
la qualité du sommeil.
Inversement, les signaux provenant de l’intestin peuvent influencer le système nerveux central. La relation est donc bidirectionnelle.
La recherche sur l’axe microbiote-intestin-cerveau est active, mais de nombreuses observations restent associatives. Il serait excessif d’affirmer qu’un déséquilibre du microbiote constitue la cause directe d’un trouble psychologique ou qu’une intervention sur le microbiote suffit à le corriger.
Revue sur les mécanismes de l’axe intestin-cerveau
Butyrate et acides gras à chaîne courte
Lorsque certaines bactéries intestinales fermentent des fibres alimentaires, elles produisent notamment des acides gras à chaîne courte :
-
acétate ;
-
propionate ;
-
butyrate.
Le butyrate constitue une source d’énergie importante pour les cellules du côlon, appelées colonocytes. Les acides gras à chaîne courte participent également à différents mécanismes liés à la barrière intestinale, au système immunitaire et au métabolisme.
Leur production dépend toutefois :
-
de la composition du microbiote ;
-
des substrats alimentaires disponibles ;
-
de la vitesse du transit ;
-
de l’environnement intestinal ;
-
des capacités métaboliques des micro-organismes présents.
Il serait donc simpliste de chercher seulement à « augmenter le butyrate » sans comprendre le contexte digestif général. Les effets observés expérimentalement ne permettent pas toujours de garantir un bénéfice clinique identique chez chaque personne.
Les recherches confirment néanmoins le rôle important des métabolites microbiens dans l’intégrité de la barrière intestinale et l’équilibre immunitaire.
Revue scientifique sur microbiote, métabolites et barrière intestinale
Perméabilité intestinale : rester prudent
La barrière intestinale contrôle les échanges entre la lumière digestive et l’organisme. Son fonctionnement dépend notamment :
-
du mucus ;
-
des cellules épithéliales ;
-
des jonctions serrées entre ces cellules ;
-
du système immunitaire intestinal ;
-
des métabolites produits par le microbiote.
Une augmentation de la perméabilité intestinale est documentée dans certaines maladies. En revanche, l’expression populaire « intestin poreux » est souvent utilisée de manière beaucoup trop large pour expliquer des symptômes très variés.
Les méthodes d’évaluation ne sont pas toutes standardisées et certains marqueurs proposés commercialement sont difficiles à interpréter isolément. Les données humaines restent également limitées concernant la capacité des prébiotiques à corriger directement la perméabilité intestinale.
Revue systématique sur les prébiotiques et la perméabilité intestinale
Quand demander un avis médical ?
Des troubles digestifs persistants, inhabituels ou importants nécessitent une évaluation médicale, particulièrement en présence de :
-
sang dans les selles ;
-
perte de poids involontaire ;
-
fièvre ;
-
vomissements répétés ;
-
douleurs importantes ou nocturnes ;
-
diarrhée persistante ;
-
anémie ou carences inexpliquées ;
-
difficulté à avaler ;
-
jaunisse ;
-
modification récente et durable du transit.
La naturopathie ne remplace ni le diagnostic, ni les examens, ni les traitements médicaux. Elle peut intervenir en complément, dans son champ propre, autour de l’alimentation et de l’hygiène de vie.
Une approche globale de la digestion à Toulon
Au cabinet Mood For Life à Toulon, Pascal Recordon propose un accompagnement en naturopathie tenant compte des interactions entre :
-
l’alimentation ;
-
le rythme des repas ;
-
la mastication ;
-
le transit et la motilité ;
-
le stress ;
-
le sommeil ;
-
l’activité physique ;
-
l’histoire médicale et les traitements en cours.
L’objectif n’est pas de poser un diagnostic de dysbiose ou de SIBO, ni de promettre de « restaurer » le microbiote. Il s’agit d’explorer les facteurs liés à l’alimentation, au mode de vie et au fonctionnement digestif susceptibles de participer aux inconforts, tout en orientant vers le médecin ou le spécialiste lorsque la situation le nécessite.